◆モデルヒストリー
発表年月	改良	主な内容
2001年05月	追加モデル「M spec」	大人の高性能クーペを目指した新グレード「GT-R Mスペック」が追加された。前後のサスペンションに微振幅高周波振動を抑えるリップルコントロールショックアブソーバーして乗り心地を向上。インテリアは本革仕上げとなるほか、専用ボディカラー「シリカブレス」の採用も注目点。
2000年08月	一部改良	ターンシグナルランプがホワイト化、シートクロスの変更、アルミ製スポーツペダルと大径リヤブレーキの採用がGT-R全車共通の変更点。さらに従来の「V Spec」が「V Spec II」に進化し、こちらにはカーボン製エンジンフードが与えられ、軽量化が図られたのも注目のポイント。
1999年01月	フルモデルチェンジ	5代目のスカイラインGT-Rが登場。エンジンは従来同様、2.6L 直6ツインターボが搭載され、ゲトラグ社製6速MTが組み合わされる。当初のグレードは「GT-R」のほか、アクティブLSDやアドバンスドエアロシステムを備えた「GT-R V Spec」、そしてV SpecのN1仕様で構成される。

◆特別仕様車／限定車
発表年月	モデル名	主な内容
2002年01月	M spec Nur V spec Nur	スカイラインGT-Rとして最後となる限定車が合計1000台のみ生産された。「Mスペック Nur」と「Vスペック Nur」の2グレード設定され、どちらもエンジンのバランス取りが行われているのが特徴。そのほかN1仕様準拠のターボや冷却系となるほか、300km/hスケール速度計を装備。
2001年01月	Midnight Purple III	専用ボディカラーにペイントされたミッドナイトパープルシリーズ第3弾「ミッドナイトパープルIII」が2000年3月までの期間限定で発売された。前年に発売された「II」と比べ、アルミホイールやリヤスポイラーの可動翼部がシルバーにペイントされているのが新しいポイントである。
1999年01月	Midnight Purple II	スカイラインGT-Rに専用ボディカラーをペイントした300台の限定車「ミッドナイトパープルII」が登場。先代のR33にも設定されていた「ミッドナイトパープル」に新しい顔料を加えることで、光輝感をさらに高めているのが特徴。精悍でスポーティなカラーは今でも人気が高いモデル。